Deset let po invazi na planetu Naboo je galaxie na pokraji občanské války. Pod vedením zběhlého Jediho jménem hrabě Dooku (Christopher Lee) tisícovky soustav hrozí odtržením od Galaktické Republiky. Když na bývalou královnu Naboo, senátorku Padmé Amidalu (Natalie Portman) proběhne neúspěšný atentát, je jednadvacetiletý padawan Anakin Skywalker (Hayden Christensen) pověřen její ochranou. Během své mise Anakin nejen podlehne Amidalině kouzlu, objeví však v sobě také temnou stránku. Brzy jsou Anakin, Padmé a Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) vtaženi do srdce separatistického hnutí a začátku Klonových válek.