Digitálně animovaný film se odehrává během tří let mezi epizodami Star Wars: Klony útočí a Star Wars: Pomsta Sithů.
Zatímco Klonové války zuří po celé galaxii, hrdinští rytíři Jedi se snaží udržet pořádek a obnovit mír. Galaktická republika se pomalu ale jistě dostává pod úplnou nadvládu Separatistů a její nekonečné armády droidů, a stále více planetárních systémů tak končí v područí temné strany síly. Anakina Skywalkera (Matt Lanter) a jeho učednici Ahsoku Tano (Ashley Eckstein) čeká mise, která bude mít dalekosáhlé následky a která je dovede až ke zločineckému králi Jabbu Huttovi (Kevin Michael Richardson). Hrabě Dooku (Christopher Lee) a jeho pomocníci, včetně podlé Asajj Ventress (Nika Futterman), se nezastaví před ničím, aby zajistili selhání Anakina a Ahsoky. Mezitím v předních liniích Klonových válek vedou Obi-Wan Kenobi (James Arnold Taylor) a mistr Yoda (Tom Kane) masivní armádu ve snaze zastavit temnou stranu síly.
